Valtorin johtamisesta ja kehittämisestä vastaa toimitusjohtaja. Tukena on johtoryhmä, joka avustaa yleisiä toimintalinjoja ja muita Valtorin kannalta laajakantoisia ja periaatteellisesti tärkeitä asioita koskevassa päätöksenteossa. Valtorin johtoryhmä koostuu tulosalueiden ylijohtajista ja toimitusjohtajan esikunnan yksiköiden johtajista.